La ville de Bodega Bay est située au nord de la baie éponyme sur la rive est de Bodega Harbor, sorte de bras de mer protégé de l'océan Pacifique par une langue sablonneuse et par Bodega Head au sud. Bodega Head se situe à l'ouest de la faille de San Andreas et les roches qui la composent sont géologiquement différentes de celles du continent.
Dans les années 1960, il fut prévu d'y construire une centrale nucléaire mais le projet fut abandonné compte tenu du risque de tremblement de terre : la faille de San Andreas court en effet parallèlement à peu de distance de la côte. Un grand étang d'eau douce, que les opposants à la construction continuent d’appeler le trou dans la tête, sert maintenant de refuge pour les oiseaux.
