Le complexe tire son nom de la rue sur laquelle il était situé originellement, la Bendlerstrasse, qui sera renommée Stauffenbergstrasse en 1965, en hommage au colonel Claus von Stauffenberg. Elle fut nommée Bendler, de 1837 à 1965, d’après Johann Christhoph Bendler (1789-1873), qui fut chef architecte et membre du conseil de la ville de Berlin. En effet, ce dernier acheta de larges parcelles de terrain dans ce secteur, le sud du Großer Tiergarten, pour le dynamiser, du fait qu’il devait accueillir nombre d’ambassades internationales.
Plaque gravée en mémoire des 5 principaux conspirateurs du complot du 20 juillet 1944 contre Hitler, exécutés le jour-même de l’attentat, en cet endroit.
Après la nomination de Hitler à la chancellerie, le , un discours d'Hitler devant les généraux au Bendlerblock quatre jours plus tard provoquera des tensions considérables entre les dirigeants militaires. En signe de protestation contre le ministre Werner von Blomberg, le commandant en chef de l'armée Kurt von Hammerstein a donné sa démission en décembre.
A partir du milieu des années 1930, des travaux ont lieu pour édifier des annexes au bâtiment originel le long de la Bendlerstrasse, selon les plans de Wilhelm Kreis dans l’optique de la nouvelle capitale du Reich voulu par Hitler, Germania.
Le Bendlerblock est un important lieu de mémoire puisqu'il a servi de cadre au complot ayant planifié l'attentat du contre Hitler, dont les principaux conjurés ont été fusillés dans la cour. Il abrite dans son aile est le mémorial de la Résistance allemande.
Après guerre
Dans les derniers jours de la Seconde Guerre mondiale, le bâtiment a été occupé par l'Armée rouge le . Après le Hauptstadtbeschluss du Bundestag, le ministère fédéral de la Défense a conservé son siège principal à Bonn, tout en ouvrant un bureau secondaire dans le Bendlerblock le .