Pendant la Seconde Guerre mondiale, elle a servi pour déployer des unités d'aviation, puis les Allemands ont utilisé cette base comme base d'aviation et les bombardements américains l'ont en grande partie détruite.
L'armée de l'air n'utilise cependant le terrain qu'à partir de 1951 : le elle y stationne la batterie d'instruction de l'artillerie de l'air.
La BA 131 est officiellement créée le avec le Centre d'instruction de la défense des bases 345 comme unité principale. Après quatre années d'existence, la BA 131 et le CIDB.345 sont dissous le .
La base aérienne 131 est réactivée le . Elle abrite l'Atelier de maintenance et de révision 3/651 qui devient l'Atelier de révision de l'armée de l'air 621 le .
La BA 131 est fermée définitivement le .
Vol militaire Mourmelon Besançon de 1911.
Le 88e Squadron de la RAF sur la BA 131 bombardé par les Allemands en 1940.
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