Le cardinal Despuig est témoin oculaire de l'enlèvement violent du pape Pie VII (en vue de sa déportation), le (à 1 h 30 du matin), par les forces napoléoniennes d'occupation à Rome. L'assaut contre le palais Quirinal, où se tient le Pape, est mené par le général de brigade Étienne Radet, obéissant à des ordres indirects donnés par Napoléon Ier, dont l'ambition était d'annexer les États de l'Église. Pie VII avait ordonné la fermeture à clef de toutes les portes extérieures et intérieures du Quirinal, afin que les assaillants soient obligés de les fracasser (à la hache) pour parvenir jusqu'à sa personne, de manière que l'acte de violence et de violation soit matériellement attesté. Le Pape attendit les assaillants tranquillement assis à son bureau, ayant debout à sa droite le cardinal Pacca, Pro-Secrétaire d'État, et à sa gauche le cardinal Despuig.
Le pape Pie VII et le cardinal Pacca seront déportés ensemble, le premier sera reclus à Savone, le second enfermé à la forteresse de Fenestrelle, tandis que le cardinal Despuig sera tenu en résidence surveillée à Rome jusqu'à son ordre d'exil à Paris, le .
Le cardinal Despuig a été par ailleurs un collectionneur de livres et de pièces d'art, qu'il a abritées dans un musée établi sur son domaine de Raixa. Le cardinal Despuig a été camerlingue de la Sainte Église romaine de 1810 jusqu'à sa mort en 1813.