Née d'un père anglo-suisse et d'une mère française, théologienne et analyste jungienne, tous deux proches d'Ivan Illich[2], Anne Dufourmantelle passe plusieurs années en Espagne et en Amérique centrale.
Elle travaille comme éditrice pour Calmann-Lévy, où elle est responsable de la littérature dans le domaine de la philosophie et de plus de cinquante livres publiés. Elle rejoint le groupe Hachette puis les éditions Stock.
À partir de 2007, elle collabore au quotidien Libération.
Anne Dufourmantelle meurt le des suites d'un arrêt cardiaque, en tentant de sauver l'enfant d'une amie[1] de la noyade[6] sur la plage de Pampelonne.
Elle est mère de trois enfants[7], et compagne, jusqu’à sa mort, de l'écrivain Frédéric Boyer[6]. Sa fille Clara Ysé (dont le père est son ancien époux, le peintre Bruno Dufourmantelle, de qui elle conservait d'ailleurs le nom d'usage[8]) lui rend hommage dans Libération[9]. Elle a aussi un garçon avec Bruno Dufourmantelle[10] et une fille, Maud, née en 2003, avec Frédéric Boyer[11].
En 1998, Anne Dufourmantelle reçoit le prix Raymond de Boyer de Sainte-Suzanne de l'Académie française[12] pour La Vocation prophétique de la philosophie, traduit de Nelson GoodmanLangage de l'art et publie un essai, La Structure de comparution. Dans La Sauvagerie maternelle (2001), elle s'intéresse au risque que doit affronter l'enfant pour se défaire du lien avec sa mère, lien que celle-ci souhaite inconsciemment préserver[13]. Elle développe la notion de « sauvagerie maternelle » en 2011, dans Éloge du risque, et propose que les passions négatives – qui s'originent selon elle dans la dépendance première à la sauvagerie – soient accueillies plutôt que déniées, afin de dépasser les peurs qui les accompagnent[13]. En 2009, dans En cas d'amour, psychopathologie de la vie amoureuse, elle explore les déclinaisons de l'amour et l'événement de la rencontre, entre le sujet et son témoin[13]. Dans Intelligence du rêve (2012), elle propose d'« écouter les rêves », dans leur puissance d'action car, selon elle, ils puisent dans « l'histoire de la culture, dans l'histoire personnelle, dans notre rapport au visible et à l'invisible »[13].
Un livre posthume est publié en 2018, sous le titre Souviens-toi de ton avenir. Ce roman met en scène des guerriers mongols du XIVe siècle qui cherchent à gagner le Pacifique en passant par la Chine et un groupe d'historiens qui se réunit dans une librairie à Paris.
