Naeher a fréquenté la Christian Heritage School, où elle s'est distinguée en tant que joueuse de soccer. Elle a été sélectionnée trois fois All-State et trois fois FAA All-Conference. De plus, elle a été Parade All-American et deux fois NSCAA Youth All-American. Naeher a également été une étoile du basketball, marquant plus de 2 000 points au cours de sa carrière.
En club
Boston Breakers (WPS), 2010-2011
Naeher a été sélectionnée par les Boston Breakers avec le 11e choix global du repêchage 2010 de la Women's Professional Soccer, elle a été la première gardienne de but sélectionnée lors du repêchage WPS 2010. Naeher a enregistré son premier blanchissage en carrière le 4 août 2010, contre les Atlanta Beat. Les Breakers ont terminé deuxièmes au classement WPS mais ont perdu la Super Demi-finale contre les Philadelphia Independence.
Turbine Potsdam, 2011-2013
Après la fin de la saison WPS 2011, Naeher a été transférée au club allemand de BundesligaTurbine Potsdam[2]. Elle a joué dans 24 matches toutes compétitions confondues lors de la saison 2011/2012 pour Potsdam, qui a remporté la 2011–12 Frauen-Bundesliga[3]. Naeher est retournée à Potsdam pour la saison 2012/2013 après la suspension de la saison WPS 2012[4].
Elle est ensuite retenue afin de participer à la Coupe du monde 2015 qui se déroule au Canada. Lors du mondial, elle est remplaçante et ne joue aucun match. Les États-Unis remportent la compétition en battant le Japon[5].