Formée au Rush du Colorado, Lindsey Horan s'est révélée dans les jeunes sections américaines. À l'âge de quinze ans, avec les moins de dix-sept ans de l'équipe nationale, elle marque douze buts en neuf matchs et obtient différentes distinctions qui lui ouvrent les portes d'un parcours universitaire. C'est à ce moment-là qu'elle décide de rejoindre l'Europe et qu'elle signe au Paris Saint-Germain, alors qu'elle avait une proposition de l'université de Caroline du Nord. À sa signature, à peine majeure, la presse évoque une rémunération de 120 000 euros par mois[2].
Elle résilie son contrat à Paris au début d'année 2016[3], afin de pouvoir évoluer avec sa sélection, dont les contraintes sont peu compatibles avec les championnats européens (Tobin Heath avait connu la même situation un an auparavant)[4].
Le , la joueuse est nommée parmi les quinze prétendantes au premier Ballon d'or féminin[8] (elle se classera 10e).
Le 27 janvier 2022, elle fait son retour en Europe et s'engage sous la forme d'un prêt d'une durée de dix-huit mois au club français de l'Olympique lyonnais[9],[10]. À l'issue de ce prêt, elle est définitivement transférée à Lyon pour une somme de 250 000 €[11]. En 2023, elle est nommée pour le prix The Best – Joueuse de la FIFA[12].
Le , elle marque son premier but en sélection lors d'une confrontation face à Trinité-et-Tobago. Elle participe alors activement à la qualification aux Jeux olympiques de Rio de Janeiro et marque un but déterminent le face au Canada.
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