Dans ses Lettres à propos de l'Église latine et du protestantisme vus de l'Église orthodoxe, il s’attache à mettre en évidence les partis pris et les idées toutes faites du monde occidental à l’égard de l’orthodoxie. Ces Lettres sont une des premières présentations de ce qu'est l'Église orthodoxe.
Ses poésies les plus remarquées sont composées pendant la guerre de Crimée et offrent à la vue un recueil de dissertations sur la thèse de l'union de tous les peuples slaves et de la répudiation du joug occidental.
Après 1855, il publie une série d'ouvrages et d'opuscules publiés à l'étranger, en français et en anglais, sur la théologie, tels que :
Quelques mots sur les communions occidentales, par un chrétien orthodoxe, Leipzig, 1855 («Несколько слов православного христианина о западных вероисповеданиях.») ;
L'Église latine et le protestantisme au point de vue de l'Église d'Orient, Leipzig, 1858, et Lausanne, 1872.
Bibliographie
K. Waliszewski, Littérature russe, Paris, A. Colin, 1900
Trois lettres de Khomiakov sur l'Église orthodoxe et les Églises occidentales (précédés d'une « réfutation » catholique par J. De Sergy), à télécharger.