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Leurs enfants, nés en 1605, 1607 et 1608, meurent tous trois en bas âge. Aussi, à la mort de l’Archiduc en 1621, les Pays-Bas méridionaux et la Comté de Bourgogne retournent directement à la couronne d’Espagne, Isabelle devenant alors "Gouvernante générale" des Pays-Bas méridionaux.
