Créée le sur l'île chinoise de Hainan, elle est composée de la 27e brigade mixte indépendante (celle de Taïwan) et du 47e régiment d'infanterie qui est transféré de la 6e division après que celle-ci ait été transformée en format triangulaire. La 48e division est initialement affectée à la 22e armée puis à la 14e armée régionale le .
La division est basée à Taipei sur l'île de Taïwan durant la seconde moitié de 1941. Cette base est réutilisée en 1944 par la 50e division.
La mécanisation de la 48e division, en même temps que celle de la 5e armée, est achevée le . Elle participe à la conquête de Manille mais pas à la bataille de Bataan. Par la suite, en , elle est transférée à la 16e armée. Elle débarquée à Java le avec le détachement Sakaguchi de la 56e division, capturant Surabaya le .
Par la suite, la 48e division sert de force de garnison à Java jusqu'à son transfert à la 19e armée en et est envoyée sur l'île de Timor. Après la dissolution de la 19e armée le , la 48e division retourne sous le contrôle de la 16e armée mais reste à Timor jusqu'à la reddition du Japon le .
W. Victor Madej, Japanese Armed Forces Order of Battle 1939 - 1945. Volume I, Allentown, Game Marketing Company,
(en) Kengoro Tanaka, Operations of the Imperial Japanese Armed Forces in the Papua New Guinea Theater During World War II, Tokyo, Japan, Japan Papua New Guinea Goodwill Society, (OCLC9206229)