L'équipe nationale a disputé au stade de Djouba son premier match international amical contre l'équipe kényane du Tusker Football Club[2], le ceci, dans le cadre des festivités de l'indépendance du Soudan du Sud, proclamée la veille. Cette rencontre s'est terminée par une première défaite (1-3). La sélection a ensuite affronté une équipe ougandaise du Villa SC, le , à Djouba, qui se solda par un match nul (1-1).
Le Soudan du Sud est reconnu comme un membre de la CAF depuis le [3]. Puis le , il devient membre de la FIFA[4].
L'équipe dispute son premier match officiel contre l'Ouganda, le . Ce match s'achève sur le score de deux buts partout[5].
Pour sa première participation à une compétition officielle, la Coupe CECAFA 2012, le Soudan du Sud rencontre l'Éthiopie et s'incline sur le score de 1-0. Par la suite, l'équipe joue contre le Kenya, qui gagne 2-0. Enfin, l'équipe défie l'Ouganda, qui gagnera 4-0. L'équipe sud-soudanaise termine donc dernière de son groupe, sans le moindre but marqué.
Pour sa seconde participation à une compétition officielle, la Coupe CECAFA 2013, l'équipe du Soudan du Sud termine dernière de sa poule composée du Kenya, de l'Éthiopie et de Zanzibar, où elle perd respectivement 3-1, 2-0 et 2-1, avec des buts de Fabiano Lako et de Richard Justin, le capitaine.
Par la suite, elle participe à sa première campagne de qualification pour une compétition, celle de la CAN 2015. Elle passe le premier tour sans jouer le moindre match, à la suite du forfait de son adversaire, l'Érythrée. Auparavant, le Soudan du Sud avait été opposé au Botswana, qui l'avait emporté 3-0 en match amical. Au tour suivant, le Soudan du Sud est opposé au Mozambique, qui l'emporte 5-0 au match aller, avant de réaliser le match nul 0-0 au retour à Khartoum.
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