Pyhän Tuomaan kirkko (kreik. Ναός Αγίου Θωμά, Naós Agíou Thomá) on bysanttilaisaikainen ortodoksinen kirkko sille nimensä antaneessa Ágios Thomáksen kylässä Kreetan saarella Kreikassa.[1][2]
Kirkko sijaitsee Ágios Thomáksen kylän keskellä noin 30 kilometriä etelään Iraklionista. Se on rakennettu keskibysanttilaisella kaudella varhaisemman varhaiskristillisen kirkon paikalle. Kirkkoa on muutettu paljon venetsialaisella kaudella.[1][2]
Kirkko on arkkitehtuuriltaan kolmilaivainen basilika. Sen sisäänkäynnin puolella on nartheks, joka on lisätty 1400-luvulla. Sen ja keskilaivan yhtymäkohdassa on poikkeuksellisen korkea pyöreä kupolitorni, joka sekin rakennettiin 1400-luvulla. Sivun pieni kellotorni on lisätty 1800-luvulla. Sisältä kirkko on ollut koristeltu seinämaalauksin, mutta niistä on säilynyt vain vähän.[1][2]