Vielä 20 miljoonaa vuotta sitten nykyisen Panaman kohdalla oli Atlantin ja Tyynenmeren yhdistävä meri. Pinnan alla kuitenkin Tyynenmeren laatta liukui Karibian laatan alle ja nostatti merenalaisia tulivuoria. Noin 15 miljoonaa vuotta sitten osa vuorista oli noussut jo saariksi. Seuraavien miljoonien vuosien aikana muodostui uusia saaria ja samalla merenpohja nousi hiljalleen, ja noin 3 miljoonaa vuotta sitten Pohjois- ja Etelä-Amerikan yhdistävä kannas oli muodostunut.[2]
Panamankannaksen muodostuminen esti Atlantin ja Tyynenmeren välisen virtauksen ja muutti näin molempien merien merivirtojen suuntaa. Karibian lämpimät vedet alkoivat virrata koilliseen ja näin lämmittää Eurooppaa. Atlantista tuli myös suolaisempi.[2]Golfvirta kuljetti myös kosteutta pohjoiseen. Talvella tullut lämmin merivirta sulatti jäätä, mikä lisäsi talvista meriveden haihtumista pohjoisessa, ja syntyneiden pilvien salamista lumena maahan, ja lumen muuttumista jäätiköiksi.[3]