Margareeta oli Erik Abrahamsson Leijonhufvudin ja Ebba Eriksdotter Vaasan kolmas tytär. Hänellä oli kolme vanhempaa sisarusta: Abraham, Birgitta ja Anna, joka kuitenkin kuoli jo nuorena. Hänellä oli myös kolme nuorempaa sisarusta: Anna, Sten ja Märta. Hän oli ainoastaan nelivuotias, kun hänen isänsä teloitettiin StortorgetillaTukholman verilöylyssä 8. marraskuuta 1520. Margareeta oleskeli syksyn 1520 ajan äitinsä ja sisarustensa kanssa Västeråsin luostarissa, mikä saattoi pelastaa heidät verilöylyltä. Luostarista he muuttivat takaisin Ekebergin säteriin. Margareetan koulutuksesta ei ole tarkkaa tietoa.[2]
Kuningas Kustaa Vaasan ensimmäinen puoliso Katariina Saksi-Lauenburgilainen kuoli 23. syyskuuta 1535.[5] Kustaalla oli ollut vaikeuksia löytää ensimmäistä puolisoaan, eikä hän halunnut enää toista puolisoa etsiessään neuvotella ulkomaisten hovien kanssa. Ottaessaan puolison ruotsalaisesta aatelissuvusta hän saattaisi myös vahvistaa asemaansa valtakunnan sisällä. Edellä mainituista syistä hän rajasikin tällä kertaa etsinnät ruotsalaisiin naisiin.[2][6] Margareeta oli jo salakihloissa Svante Sturen kanssa, kun Kustaa kosi häntä. Kihlaus purettiin, ja Svante Sture sai puolisokseen Margareetan nuoremman sisaren Märta Erikintytär Leijonhufvudin. Margareeta ja Kustaa avioituivat Uppsalan tuomiokirkossa 1. lokakuuta 1536[7].[3]
Häiden jälkeen Margareeta ja Kustaa viettivät aikaa Mälarenin ympäristössä: Västeråsissa, Tre Kronorin linnassa Tukholmassa ja Gripsholmin linnassa. Margareeta sairastui, mikä viivästytti matkantekoa. Helmikuussa 1537 pariskunta vieraili Ekebergissä, jossa kuningas myönsi Margareetan äidille luvan kerätä viljelijöiltä eräänlaista veroa. Hän myönsi äidille kevään mittaan myös verohelpotuksia.[8]
Margareeta oli puolisoaan 20 vuotta nuorempi, mutta ikäerosta huolimatta hän sopeutui hyvin rooliinsa. Omalla lempeänystävällisellä tavallaan hän vaikutti rauhoittavasti Kustaa Vaasaan. Liittoa Margareetan kanssa on pidetty Kustaan elämän onnellisimpana aikana.[9] Asiakirjojen perusteella Margareetan valta oli huipussaan 1540-luvun alkupuoliskolla. Hän oli puolisonsa läheinen neuvonantaja ja teki maakauppoja omiin nimiinsä suullisesti naisten kesken.[9] Margareeta oli mukana Kustaa Vaasan ja Kristian III:n tapaamisessa 1541, jonka aikana he keskustelivat Ruotsin ja Tanskan välisestä yhteistyöstä: Eerikin ja Tanskan kruununprinssin naimakaupoista. Margareeta ei kuitenkaan osallistunut neuvotteluihin.[10] Yksi kuningattaren tärkeimmistä tehtävistä oli kotitaloudesta huolehtiminen: hänen vastuullaan olivat talous, alaiset ja linnojen varastot.[11] Hän piti yllä hyviä välejä ja diplomaattisia suhteita Sturen suvun[12] ja ulkomaisten kuningattarien kanssa sekä armahti alamaisia.[11]
1540-luvun loppupuolella Margareeta sairasteli usein, ja menehtyi lopulta Tynnelsön linnassa 26. elokuuta 1551[13] lyhyen sairauden jälkeen. Hän oli sairastunut keuhkokuumeeseen venematkalla Mälarenilla. Kustaa Vaasan kerrotaan ottaneen vaimonsa kuoleman hyvin raskaasti. Margareeta haudattiin Uppsalan tuomiokirkkoon. Margareetan seuraaja Kustaa Vaasan puolisona ja kuningattarena oli hänen sisarentyttärensä Katariina Stenbock.[14] Tyttäriensä avioliittojen kautta Margareeta oli useiden Euroopan kuningashuoneiden kantaäiti 1900-luvun alussa.
HelsinginVanhaankaupunkiin perustettiin Margareeta Leijonhufvudin puisto vuonna 2003. Kustaa Vaasan ensimmäinen ja kolmas aviovaimo otettiin Helsingin paikannimistöön samana vuonna.[9]
Lapset
Margareeta synnytti kymmenen lasta kolmentoista vuoden aikana. Näistä kahdeksan selvisi lapsuusvuosiensa yli, mikä on poikkeuksellisen korkea osuus 1500-luvun mittapuulla.