Tšekkoslovakian miehityksen jälkeen aloitettiin Luftwaffen organisaatiouudistus, jossa alueelliset johtoportaat Luftwaffengruppencommando nimettiin uudelleen 1. helmikuuta 1939. Tällöin Luftwaffengruppencommando 3 sai nimekseen Luftflotte 3 komentajanaan ilmavoimien kenraali Hugo Sperrle. Sen esikunta sijaitsi Münchenissä ja siihen kuuluivat 5. ja 6. Fliegerdivision sekä Luftgau VII (München), XII (Wiesbaden) ja XIII (Nürnberg).[1] Samassa yhteydessä yhtymien numerointi muutettiin kolminumeroisesta kaksinumeroiseksi ja 3. ilma-armeijan rykmentit numeroitiin välille 51-75. Esimerkkeinä pommituslentorykmentit 51, 53, 54 ja 55. Samoin koneiden tunnuksina otettiin 4. heinäkuuta 1939 käyttöön sodan aikainen järjestelmä, jossa kaksi ensimmäistä numeroa esitti rykmentin ja kaksi muuta laivueen sekä yksilöi lentokoneen. Esimerkkinä 1H+GT, joka kertoo koneen kuuluvan KG26 Löwenille ja koneen palvelevan 9. laivueessa tunnuksella G[2]
eversti Günther Korten, 11. kesäkuuta – 31. joulukuuta 1940
kenraalimajuri Karl Koller, 1. tammikuuta 1941 – 23. elokuuta 1943
kenraaliluutnantti Hermann Plocher, 1. lokakuuta 1943 – 26. syyskuuta 1944
Lähteet
International Air Power Review Volume 2 Impending Danger West - The Luftwaffe's response to the D-Day landings ss 150-157 AIRtime Publishing 2001 isbn 1-880588-34-X
International Air Power Review Volume 3 Fw 190 - Tank's 'Cavalry horse' ss 120-155 AIRtime Publishing 2001,2002 isbn 1-880588-36-6
International Air Power Review Volume 5 Dornier Do 217 - The 'Baedeker' bomber ss 108-123 AIRtime Publishing 2002 isbn 1-880588-44-7