Klubi asutati 1990. aastal nimega İstanbul Büyükşehir Belediyespor. Praegust nime kannab klubi alates hooajast 2014–2015.
Türgi kõrgliigas mängiti esimest korda hooajal 2007–2008. Hooajal 2013–2014 võideti Türgi esiliiga ja pääseti tagasi kõrgliigasse. Hooajal 2016–2017 saavutas Başakşehir Türgi kõrgliigas teise koha. Samuti jäädi teiseks hooajal 2018–2019, mil meistriks tulnud İstanbuli Galatasarayle kaotati vaid kahe punktiga. Hooajal 2019–2020 tuli Başakşehir Türgi meistriks, saades alles kuuendaks klubiks, mis on Türgi kõrgliiga võitnud. Türgi karikavõistlustel on jõutud kahel korral finaali (aastatel 2011 ja 2017), kuid mõlemal korral on seal kaotatud.
Hooajal 2015–2016 osales Başakşehir esimest korda UEFA Euroopa Liiga eelringis. Hooajal 2017–2018 jõuti esimest korda Euroopa Liiga alagrupiturniirile. Hooajal 2019–2020 jõuti Euroopa Liigas kuueteistkümne parema sekka, kus kaotati Taani klubile København. Hooajal 2020–2021 pääseti esimest korda UEFA Meistrite Liiga alagrupiturniirile.