1996. aasta detsembris toimunud presidendivalimistel kogus Lucinschi valimiste esimeses voorus 28% häältest; teises voorus Sneguri vastu sai ta 53% häältest, osutudes seega valimiste üllatusvõitjaks.[3] Kampaania ajal rõhutas ta vajadust luua stabiilsust, parandada suhteid Venemaaga ja lahendada konflikt Transnistriaga.[4]
Presidendina
1997. aastal võimule saanud Lucinschi oli presidendina tsentrist, kes pooldas vabaturumajanduse reforme ja kutsus kodanikke üles "äärmuslikke" poliitikaid tagasi lükkama. Kuid hoolimata populaarsusest ja poliitilisest kogemusest ei suutnud Lucinschi lahendada 1990. aastate esimeses pooles tekkinud poliitilist vastas- ja ummikseisu. Ta nimetas ametisse Ion Ciubuci valitsuse, mis ei osutunud aga töövõimeliseks. Probleeme tekitasid parteijuhtide vastasseisud, tsentristlike reformide vastane vasakpoolne parlament, kasvav poliitiline killustatus ja nõrk presidendi positsioon. Lucinschi oli lubanud korruptsioonivastaseid reforme, ent nende realiseerimata jätmisel seadsid presidendivastased hoopis Lucinschi enda ja tema juhtkonna korruptsioonikahtluse alla. Sagedaste konfliktide tõttu ei saanud Ciubuci valitsus reforme täide viidud, mistõttu astus valitsus tagasi. Seejärel ei suutnud president ja parlament koostööd teha, et leida uue valitsuse moodustajat. Ei presidendi pakutud kandidaat Valeriu Bobuțac ega parlamendi pakutud kandidaat Vladimir Voronin ei saanud kokku vajalikku häälte arvu (52) parlamendis. Juba ainuüksi 1999. aastal oli Moldoval kolm valitsust ning kuuenädalane valitsuskriis, kui riigil ei olnud valitsust.[5][6]
Lucinschi prioriteetide hulka kuulus Transnistria konflikti lahendamine. Ta asus kasutama oma sidemeid Venemaa juhtkonnaga lootuses lahendada konflikt. Esialgu paistis see vilja kandvat, kui 1997. aastal viidi ellu juba varem alla kirjutatud kokkulepe Moldova ja Venemaa vahel, kus sätestati Vene vägede väljaviimine Transnistriast. Ta kohtus Transnistria presidendiga ja pidas läbirääkimisi otse, kuid edutult.[7] Siiski ei lahkunud Venemaa relvajõud Lucinschi ametisoleku jooksul piirkonnast.[5]
Vaidlemine parlamendis ja sagedased valitsuskriisid panid Lucinschit taotlema põhiseaduse muudatusi, mis koondaks rohkem võimu presidendiametile. Plaan presidendi võimu suurendamiseks valmis 1999. aasta maiks ja selle heakskiidu saamiseks planeeris Lucinschi referendumit. Plaan parlamenti nõrgestada põhjustas aga pingeid Lucinschi ja parlamendi vahel ning parlament hakkas presidendile vastu töötama. Konflikt lõppes Lucinschi lüüasaamisega. 2000. aastal muutis parlament põhiseadust, mille järgi hakkas uut riigipead valima parlament, mitte enam rahvas.[5] Lucinschi lükkas seaduse tagasi, kuid parlament võttis selle vastu pärast Lucinschi ametiaja lõppu 7. aprillil 2001.[8][9]
Pärast presidendiaja lõppu on Lucinschi poliitikast taandunud. Ta juhib endanimelist strateegiliste uuringute ja rahvusvaheliste suhete arengufondi.[9][1]
