Alates 1991. aastast töötas Lupu majandusministeeriumi välissuhete ametis algul peaspetsialistina, hiljem osakonnajuhataja, juhatuse esimehe ja ameti direktorina. Aastal 2001 sai Lupu Vasile Tarlevi valitsuses majandusministri asetäitjaks. Aastatel 2003–2005 oli Lupu majandusminister ja 2005–2009 parlamendi esimees.
Suvel 2009 moodustas tema juhitav partei koos teiste läänemeelsete erakondadega koalitsiooni Euroopa Integratsiooni Allianss. Marian Lupust sai koalitsiooni presidendikandidaat. Et valituks osutuda, peab kandidaat 101-kohalises parlamendis saama vähemalt 61 poolthäält, koalitsioonil oli aga vaid 53 kohta parlamendis. Valimised peeti 10. novembril ja 7. detsembril, kuid presidenti ei suudetud valida.
28. novembril2010 peeti järjekordsed erakorralised parlamendivalimised. 28. detsembril kogunenud parlament valis Lupu parlamendi esimeheks ning ühtlasi sai temast presidendi kohusetäitja.
Lupu abiellus 1992. Tal on kaks last, Sanda ja Cristian.