Isabel abiellus 1469. aastal Aragóni kuninga Fernando II-ga. Isabel sai Kastiilia ja Leóni kuningannaks pärast Kastiilia ja Leóni kuninga (1454–1474) Enrique IV de Castilla surma aastal 1474.
Isabel I ja Fernando II abielu oli dünastiline unioon, millest sai ühendatud Hispaania kuningriigile teedrajav sündmus. Sel ajal jäid nii Kastiilia kui ka Aragóni kroon eraldi territooriumile, kumbki hoidis oma traditsioonilisi institutsioone, parlamente ja seadusi.
Oma valitsusajal korraldas ta ümber valitsusinstitutsioonid, vähendas kuritegevust ja vabastas riigi oma vennast maha jäänud võlast. Tema ja ta abikaasa reformide mõju ulatus ka väljapoole nende mõlema riigi piire. Katoliiklike Isabel I ja Fernando II poolt asutati 1478. aastal Hispaania inkvisitsioon, eesmärgiga säilitada oma kuningriikides katoliku kiriku puhtust.
Isabel ja Fernando viisid lõpule rekonkista, vallutades pärast 10 aastat kestnud Granada sõda1492. aastal Granada emiraadi kui viimase mauride kantsi. Moslemi elanikkonnaga sõlmitud lepingu järgi võisid moslemid oma usku edasi praktiseerida, küll aga aeti kõik juudid Hispaaniast välja. Aastal 1499 sai kardinalFrancisco Jiménez de Cisneros pahaseks moslemite liiga aeglase ristiusku astumise pärast ja käivitas sunniviisilise ristiusustamise programmi, millega rikkus lepingut. See põhjustas rahvaülestõusu, mille Kastiilia maha surus. 1501 tühistas valitsus lepingu ja nõudis kõigilt moslemitelt kas ristimist või emigreerumist. Moslemite kõrgkiht eelistas emigreeruda Marokosse, lihtrahvas laskis end pigem ristida ja järgis kodus islami tavasid edasi.
Isabel ja Fernando toetasid ja rahastasid Christoph Kolumbuse 1492. aasta reisi üle ookeani.
Isabel I ja Fernando II pärija pidanuks olema vanim tütar Hispaania Isabella, kes oli abielus Portugali printsi Alfonso ja kuninga Manuel I-ga ja aga suri 1498. aastal 27-aastaselt sünnitusel ja tema poeg Miguel da Paz suri 1500. Seetõttu, kui Isabella 1504 suri, päris Kastiilia trooni Juana.
Juana abiellus 1496Philipp Ilusaga, kes oli Saksa-RoomakeisriMaximilian I ja Burgundia pärijanna Marie (1460–1481) poeg. Kastiilia trooni nõudis aga ka Aragóni krooni valdustekuningas Fernando II, kes tahtis kogu hilisema Hispaania valitsejaks saada. Lõpuks jõuti kompromissile ning Philipp sai Felipe I-na Kastiilia kuningaks, seda peamiselt põhjusel, et Kastiilia ülikutele ei meeldinud Fernando ambitsioonid. Kaks aastat hiljem suri Philipp ootamatult ning et tema naine Juana kuulutati hullumeelseks ja poeg Karl oli vaid kuueaastane, sai seejärel Kastiilia tegelikuks valitsejaks Fernando II.
Perekond
Isabelil ja Fernandol sündis seitse last, kellest kaks sündis surnult:
Isabel (2. oktoober 1470 – 23. august 1498), Portugali kuninga Manuel I abikaasa
poeg (sündis surnult 31. mail 1475)
Juan (30. juuni 1478 – 4. oktoober 1497), Astuuria prints ja troonipärija
Juana (6. november 1479 – 12. aprill 1555), Kastiilia kuninganna
Maria (29. juuni 1482 – 7. märts 1517), Portugali kuninga Manuel I teine abikaasa
Maria kaksikõde (sündis surnult)
Catalina (16. detsember 1485 – 6. jaanuar 1536), abiellus Walesi printsi Arthuriga ja oli seejärel Inglise kuninga Henry VIII esimene abikaasa,Catherine Aragónist.