Fjodor Apraksin oli tulevase keisri Peeter I õukonnas juba tema lapsepõlves, 1682. aastal määrati ta 10-aastase Peetri juurde stolnikuks ja ta osales koos Peetriga tema noorepõlveettevõtmistes.
1682. aastal nimetati Peeter Vene tsaaririigi tsaariks ja 1693. aastal määras ta Apraksini Venemaa jaoks ainsat väljapääsu rahvusvahelistele meredele võimaldava strateegilise tähtsusega Valge mere keskuse Arhangelskivojevoodiks ja hiljem kuberneriks. Tema juhtimisel hakkasid Peeter I soovil vene laevaehitusmeistrid Venemaa laevastikku ehitama.
1696. aastal võttis Peeter I ta Arhangelski vojevoodi ülesannete täitmise asemel kaasa alustatud 2. Aasovi sõjakäigule, pärast seda aga Kertši mereretkele 1699. aastal.
1700. aastal andis Peeter I talle Admiraliteedi ülema ametikoha ja määras juhtima äsja loodud Admiraliteedi prikaasi. Sellel ametikohal kureeris ja kontrollis Apraksin kogu Venemaal toimuvat laevaehitust ja laevastiku tarvis navigatsioonikooli loomist Moskvas. Tema vend Pjotr Matvejevitš Apraksin aga osales Põhjasõja lahingutes Soomes, juhtides 1705. aastal edukat sõjakäiku Sortavalale.
1709. aastal saatis tsaar ta Lõuna-Venemaale looma Aasovi laevastikku ja valitsema Azovi linna. 1710. aastal naasis ta Peterburi, et osaleda lahingutes Rootsi vägedega Viiburi piirkonnas. Kindluse vallutamise eest autasustas Peeter I teda Püha Andrease ordeni ja kuldse briljantidega kaunistatud mõõgaga. Samuti oli ta esimene sõjaväelane Venemaal, kes nimetati kindraladmiraliks. 1711. aastast juhtis Apraksin Aasovi laevastikku. Pärast ebaõnnestunud Pruti sõjakäikuOsmanite impeeriumi vastu oli Venemaa kohustatud rahulepingu järgi Aasovi piirkonna kaitserajatised ja laevastiku hävitama, millega vastavalt tsaari korraldusele pidi tegelema need rajatised varem ise ehitanud Apraksin.
Kuigi 1727. aastal paleeintriigide tulemusel tõrjuti ta riigijuhtimise juurest eemale, sõitis koos keisrinna Katariina I ja õukonnaga Moskvasse, kus suri 10. novembril 1728. Ta maeti Zlatoustovski kloostrisse[1].
