1469. aastal abiellus Fernando Kastiilia Isabeliga, kuningas (1454–1474) Enrique IV de Castilla poolõega, kellest sai Kastiilia ja Leóni kuninganna pärast Enrique IV surma 1474. aastal. Nende abielu oli dünastiline unioon, millest sai ühendatud Hispaania kuningriigile teedrajav sündmus. Sel ajal jäid nii Kastiilia kui ka Aragóni kroon eraldi territooriumile, kumbki hoidis oma traditsioonilisi institutsioone, parlamente ja seadusi.
Ferrantino taastati troonile, kuid suri aastal 1496 ja trooni päris tema onu Federico IV. Prantslased siiski ei loobunud oma nõudmistest ja aastal 1501 leppisid kokku kuningriigi jagamises Fernando II-ga, kes taandus oma nõo kuningas Federicost. Tehing kukkus siiski varsti läbi ning Aragón ja Prantsusmaa jätkasid oma sõda kuningriigi üle, mis lõppkokkuvõttes andis võidu Aragónile, jättes Fernandole kontrolli kuningriigi üle aastal 1504.