Μετά τον θάνατο του Πατριάρχη Γρηγορίου Ζ΄, ο τότε Μητροπολίτης Δέρκων ήταν ο πλέον δημοφιλής ιεράρχης και θεωρήθηκε κατάλληλος να εξομαλύνει την Μεταλωζάννεια κατάσταση[2]. Έτσι, στις 17 Δεκεμβρίου1924 εξελέγη Οικουμενικός Πατριάρχης και ενθρονίστηκε αυθημερόν. Σύμφωνα όμως με τη συμφωνία ανταλλαγής των πληθυσμών, οι τουρκικές αρχές του είχαν ήδη τονίσει από την παραμονή της εκλογής ότι τον θεωρούσαν «ανταλλάξιμο», καθώς είχε εγκατασταθεί στην Κωνσταντινούπολη μετά το 1918. Ο ίδιος, ως Μητροπολίτης Δέρκων, επιχειρηματολογούσε ότι, αφού το Πατριαρχείο είχε εξαιρεθεί ρητώς της ανταλλαγής, η εξαίρεση δεν αφορούσε το κτιριακό του συγκρότημα αλλά και τα φυσικά πρόσωπα που το συναποτελούσαν ως νομικό πρόσωπο[3]. Κατόπιν ανεπιτυχών διπλωματικών παρεμβάσεων, ο εκλεγείς Πατριάρχης απελάθηκε σιδηροδρομικώς στις 30 Ιανουαρίου1925 από την Κωνσταντινούπολη[2].
Η Κυβέρνηση Μιχαλακόπουλου προέβη σε έντονα διπλωματικά διαβήματα και, φοβούμενη όξυνση της κατάστασης, του σύστησε να αποσυρθεί στο Άγιο Όρος. Αυτός όμως μετέβη αρχικά στη Θεσσαλονίκη, όπου τον υποδέχτηκαν 30.000 συγκεντρωμένοι[4]. Από την Θεσσαλονίκη προέβη σε ανεπιτυχή διαβήματα προς την Κοινωνία των Εθνών για να του επιτραπεί η επιστροφή. Παράλληλα, η απέλασή του όξυνε τα πνεύματα και στην Αθήνα, σε βαθμό που στρατιωτικοί κύκλοι με επικεφαλής τον Θεόδωρο Πάγκαλο να ζητούν επανάληψη των εχθροπραξιών με την Τουρκία λόγω μη τήρησης της συμφωνίας ανταλλαγής[5]. Η Ελληνική Κυβέρνηση επιχείρησε να διεθνοποιήσει το ζήτημα, προσφεύγοντας στην Κοινωνία των Εθνών, ζητώντας και την συνδρομή ξένων Κυβερνήσεων και του πρώην πρωθυπουργού, Ελευθέριου Βενιζέλου. Αυτός στάθηκε μεν στο πλευρό της Κυβέρνησης, αρνήθηκε όμως να εκπροσωπήσει για το θέμα αυτό την χώρα στη Γενεύη[6], καθώς διαφωνούσε με την πράξη της Συνόδου του Πατριαρχείου να επιμείνει στην εκλογή ανταλλαξίμου ως Πατριάρχη[α]. Στις 4 Φεβρουαρίου1925 η Τουρκική Εθνοσυνέλευση επικύρωσε την απέλαση και στις 11 Φεβρουαρίου η Ελλάδα προσέφυγε στην Κοινωνία των Εθνών.
Αφού η Τουρκία αποδέχτηκε να αποσύρει τους φακέλους των υπολοίπων ανταλλάξιμων Μητροπολιτών, απέσυρε και η Ελλάδα την προσφυγή της στην ΚτΕ και προέτρεψε τον Πατριάρχη Κωνσταντίνο να παραιτηθεί, διαβεβαιώνοντάς τον ότι θα του εξασφαλιστεί επίπεδο διαβίωσης ανάλογο του αξιώματός του. Τελικά, ο Κωνσταντίνος υπέβαλε την παραίτησή του στις 22 Μαΐου1925. Κατόπιν πήγε για κάποιο διάστημα στη Χαλκίδα, ως φιλοξενούμενος της εκεί Μητροπόλεως Χαλκίδος. Τέλος, εγκαταστάθηκε οριστικά στη Νέα Φιλαδέλφεια της Αττικής, σε σπίτι που του παραχωρήθηκε από την Ελληνική Κυβέρνηση[2].
↑...«θεωρώ τοσούτον αξιοκατάκριτον συμπεριφοράν των εν Φαναρίω οίτινες (...) επέμειναν εις εκλογήν προσώπου ανταλλαξίμου (...) ώστε δεν δύναμαι αποτελεσματικώς να υπερασπίσω Ελληνικήν άποψιν αφ'ού ερωτώμενος τυχόν εν Συμβουλίω, εάν δεν κρίνω αξιοκατάκριτον ενέργειαν Πατριαρχείου, θ'αναγκαστώ να ομολογήσω ότι θεωρώ αυτήν αξιοκατάκριτον[7]».