Γεννήθηκε το Νοέμβριο του 1833 στη ΒέσσαΧίου. Ο πατέρας του ήταν ιερέας και δάσκαλος. Από αυτόν έμαθε και τα πρώτα του γράμματα. Αφού τελείωσε το σχολείο στο νησί του, μπήκε στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης, από την οποία αποφοίτησε το 1857 αριστούχος. Κατόπιν σπούδασε στο Πανεπιστήμιο Αθηνών.
Όταν έγινε Πατριάρχης ο θείος του, ο Αμασείας Σωφρόνιος, τον ακολούθησε στην Κωνσταντινούπολη ως γραμματέας του. Το 1864 χειροτονήθηκε διάκονος. Ακολούθησε το θείο του και μετά την αποχώρησή του από τον Οικουμενικό Θρόνο. Αυτός τον έστειλε για μεταπτυχιακές σπουδές στο Στρασβούργο, την Ελβετία και τη Χαϊδελβέργη.
Το 1872 έγινε γραμματέας της Ιεράς Συνόδου. Το 1874 χειροτονήθηκε ιερέας. Το 1876 εξελέγη ΜητροπολίτηςΜυτιλήνης και χειροτονήθηκε επίσκοπος. Έμεινε στη Μητρόπολη αυτή ως το 1893, οπότε μετατέθηκε στη Μητρόπολη Εφέσου. Στο μεταξύ, ήταν υποψήφιος (στο τριπρόσωπο) στις Πατριαρχικές εκλογές του 1884, του 1887 και του 1891. Στις 2 Απριλίου1897, μετά την παραίτηση του Πατριάρχη Άνθιμου Ζ΄, εξελέγη Οικουμενικός Πατριάρχης.
Ως Πατριάρχης, όρισε επιτροπή η οποία θα εξέδιδε την Καινή Διαθήκη στο αρχαίο κείμενο, ως επίσημη έκδοση του Οικουμενικού Πατριαρχείου, ιδέα που είχε καλλιεργήσει από πολλά χρόνια[1]. Η έκδοση αυτή έγινε μετά την απομάκρυνσή του από το Θρόνο, το 1904, δαπάναις του. Ενδιαφέρθηκε ιδιαίτερα για το κήρυγμα και την εκκλησιαστική βυζαντινή μουσική. Ασχολήθηκε ιδιαιτέρως με το πρόβλημα της διακοπής των σχέσεων με το Πατριαρχείο Αντιοχείας και προσέγγισε την Αγγλικανική Εκκλησία. Επί των ημερών της Πατριαρχίας του προήχθησαν σε Μητροπόλεις όλες οι Επισκοπές της Μακεδονίας[2].
Κατά τη Μεγάλη Εβδομάδα του 1901, ως αποτέλεσμα εσωτερικών ερίδων στο Πατριαρχείο, ομάδα Μητροπολιτών ζήτησε την παραίτηση του Πατριάρχη. Μεσολάβησε εκπρόσωπος της Υψηλής Πύλης, ο οποίος προσπάθησε να συμβιβάσει τις αντιμαχόμενες «παρατάξεις», χωρίς όμως αποτέλεσμα. Τελικά, το πρωί της Μεγάλης Παρασκευής του 1901 υπεγράφη αυτοκρατορικό διάταγμα, το οποίο έπαυε τον Πατριάρχη. Τοποτηρητής εξελέγη ο Μητροπολίτης Προύσης, ο οποίος ξεκίνησε να χοροστατεί αυθημερόν.
Ο παυθείς Πατριάρχης Κωνσταντίνος μετά από αυτά απεσύρθη στη Χάλκη. Ταλαιπωρημένος από διαβήτη, πέθανε εκεί στις 27 Φεβρουαρίου1914. Τον Σεπτέμβριο του 2015 έγιναν τα αποκαλυπτήρια προτομής του στην κεντρική πλατεία της γενέτειράς του, Βέσσας Χίου, από τον Πατριάρχη Βαρθολομαίο[3].