Η Μονή Ντανίλοφ ιδρύθηκε πιθανώς στα τέλη του 13ου αιώνα (1282) από τον γιο του Αλεξάνδρου Νιέφσκι, τον Δανιήλ της Μόσχας, από όπου και η ονομασία της. Κατά την παράδοση, πριν από τον θάνατό του το 1303, ο Δανιήλ εκάρη μοναχός και ετάφη, σύμφωνα με επιθυμία του, στη μονή αυτή. Η Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία τον τιμά ως άγιο. Οι διάδοχοι του Δανιήλ Μεγάλοι Δούκες της Μόσχας μετεγκατέστησαν τη μονή μέσα στα τείχη του Κρεμλίνου. Το μόνο που έμεινε στην αρχική θέση ήταν ένα κοιμητήριο.
Το 1560 ο Ιβάν ο Τρομερός επισκέφθηκε το τότε χωριό Ντανιλόφσκογιε και πρόσεξε το παραμελημένο κοιμητήριο. Μαθαίνοντας για το παλαιό μοναστήρι, κάλεσε μοναχούς να εγκατασταθούν και πάλι εκεί. Το 1591, όταν ο στρατός του ΧάνουΚάζι Β΄ Γκιράι του Χανάτου της Κριμαίας προσέγγισε τη Μόσχα, η έκταση της μονής οχυρώθηκε και χρησίμευσε ως στρατόπεδο.
Το 1606 οι επαναστάτες των Ιβάν Μπολότνικοφ και Ιστόμα Πασκόφ συγκρούσθηκαν με τον στρατό του τσάρου Βασιλείου Δ΄ κοντά στη μονή. Γενικότερα, όντας στο επίκεντρο πολλών βίαιων γεγονότων κατά τη λεγόμενη Εποχή των Αναστατώσεων, το μοναστήρι υπέστη μεγάλες ζημιές το 1610. Στις πρώτες δεκαετίες του 17ου αιώνα περικλείσθηκε από τούβλινο τείχος με επτά πύργους.
Το 1710 εγκαταβιούσαν τριάντα μοναχοί στη Μονή Ντανίλοφ. Το 1764 είχαν απομείνει 12, αλλά το 1900 είχαν αυξηθεί σε 17. Ανάμεσα στους μοναχούς που διέμειναν στη Μονή κατά τη μακραίωνη ιστορία της συγκαταλέγεται και ο φημισμένος Έλληνας λόγιος Νικηφόρος Θεοτόκης, που αποσύρθηκε σε μεγάλη ηλικία πλέον σε αυτή, το 1792, από την επισκοπή του στη νότια Ρωσία και απεβίωσε στη μονή[3] το 1800.
Το 1805 ιδρύθηκε στον χώρο της μονής ένα πτωχοκομείο-γηροκομείο για ηλικιωμένες γυναίκες, το οποίο αργότερα στέγαζε ηλικιωμένους κληρικούς και τις χήρες τους.
Το 1812 η Μονή Ντανίλοφ λεηλατήθηκε από τον γαλλικό στρατό του Ναπολέοντα. Ωστόσο, το θησαυροφυλάκιο και τα αγιωτικά της μονής είχαν μεταφερθεί στη Βόλαγκντα και στη Λαύρα του Αγίου Σεργίου λίγο πριν την κατάληψη της Μόσχας από τους Γάλλους.
Οι πρώτες καταγεγραμμένες πληροφορίες σχετικά με τα κτήματα της Μονής χρονολογούνται από το 1785, όταν αναφέρεται ότι κατείχε 18 ντεσιατίνες (180 στρέμματα) γης, ενώ μέχρι τα τέλη του 19ου αιώνα η περιουσία είχε αυξηθεί σε 178 ντεσιατίνες και δυο-τρία κτήρια στη Μόσχα.
Κατά το δεύτερο ήμισυ του 19ου αιώνα το κοιμητήριο της Μονής Ντανίλοφ έγινε ο τόπος αναπαύσεως των σορών πολλών συγγραφέων, καλλιτεχνών και διανοουμένων, όπως των Νικολάι Γκόγκολ, Νικολάι Γιαζίκοφ, Βασίλι Περόφ, Νικολάι Ρουμπινστάιν, Βλαντίμιρ Σολοβιέφ και αρκετών άλλων. Ωστόσο, τα λείψανα των περισσότερων εξ αυτών μεταφέρθηκαν κατά τη σοβιετική εποχή στο Κοιμητήριο Νοβοντέβιτσι. Το 1917 η μονή είχε 19 μοναχούς και 4 δόκιμους μοναχούς, ενώ κατείχε 164 ντεσιατίνες γης.
Μετά την Οκτωβριανή Επανάσταση η Μονή στέγασε αρχιμανδρίτες που είχαν διωχθεί από τις ενορίες τους. Το 1929 το καθεστώς εξέδωσε ένα ειδικό διάταγμα για τη διάλυση της Μονής Ντανίλοφ και την οργάνωση ενός καταστήματος κρατήσεως υπό τη διοίκηση του NKVD (приёмник-распределитель НКВД). Ωστόσο, αυτό το τελευταίο μοναστήρι που έκλεισε στη Μόσχα έγινε και το πρώτο που επιστράφηκε, το 1983, στο Πατριαρχείο της Μόσχας και κατέστη πνευματικό και διοικητικό κέντρο της Ρωσικής Ορθόδοξης Εκκλησίας. Το 1988 οι εγκαταστάσεις της Μονής αποκαταστάθηκαν και κτίσθηκε μια κατοικία για τον Πατριάρχη Μόσχας και πασών των Ρωσιών, μια αίθουσα για τις συνεδριάσεις της Ιεράς Συνόδου της Ιεραρχίας της Ρωσικής Ορθόδοξης Εκκλησίας, ένα παρεκκλήσιο για την τέλεση νεκρώσιμων ακολουθιών και ένα ακόμα παρεκκλήσιο σε ανάμνηση των χιλίων ετών από τον εκχριστιανισμό των Ρως.
Κτίσματα
Εκτός από τα αμυντικά τείχη και πύργους του 17ου αιώνα, τα σωζόμενα κτίσματα είναι το καθολικό (κύριος ναός) της μονής, ο νεοκλασικού ρυθμού ναός της Αγίας Τριάδος (1833-1838), ο ναός και κωδωνοστάσιο του Αγίου Συμεών του Στυλίτη στην πύλη, σε ρυθμό μπαρόκ (1681 και 1732), μια συστάδα κελλιών του 19ου αιώνα για τους μοναχούς και τον ηγούμενο, και τέλος τα προαναφερθέντα εκτεταμένα κτίσματα της σημερινής κατοικίας του Πατριάρχη και των συνεδριάσεων της Ιεράς Συνόδου (1988). Ακριβώς δίπλα σε αυτά υψώνεται ο μεγάλος ενοριακός ναός της Αναστηλώσεως του Ναού της Ιερουσαλήμ, κτισμένος το 1832-1837 σύμφωνα με νεοκλασικά σχέδια του Φιοντόρ Σεστάκοφ.
Το παλαιότερο σωζόμενο κτίσμα είναι το καθολικό, αφιερωμένο στους Αγίους Πατέρες των επτά πρώτων Οικουμενικών Συνόδων (κανένας άλλος ναός στον χριστιανικό κόσμο δεν τιμάται στο όνομα αυτό). Ο κάτω ναός του, στο επίπεδο του εδάφους, κτίσθηκε κατά τη βασιλεία του Τσάρου Αλεξίου, ενώ οι επάνω ναοί σε ρυθμό μπαρόκ ολοκληρώθηκαν το 1730 και το 1752. Το καθολικό είναι το μοναδικό συγκρότημα ναών στη Μόσχα που έχει δύο ξεχωριστούς ναούς κτισμένους επάνω από έναν άλλον.
Οι καμπάνες
Την εποχή που η Μονή Ντανίλοφ έκλεισε (1929 και 1930), οι καμπάνες της σώθηκαν από την καταστροφή στα χέρια των κομμουνιστών επειδή αγοράστηκαν από τον Αμερικανό βιομήχανο Τσαρλς Ρίτσαρντ Κρέιν, ο οποίος κατόπιν τις δώρησε στο Πανεπιστήμιο Χάρβαρντ. Η μεγαλύτερη από τις καμπάνες, η Μπαλσόι (= η «Μεγάλη», αποκαλούμενη «Καμπάνα της Μάνας Γης» στο Χάρβαρντ), ζυγίζει 13 τόνους και το γλωσσίδι της ζυγίζει περίπου 320 κιλά. Η μικρότερη από όλες ζυγίζει μόλις 10 κιλά.[4] Στο Χάρβαρντ οι καμπάνες εγκαταστάθηκαν στον κύριο πύργο του κοιτώνα Lowell House και στη Βιβλιοθήκη Μπέικερ της Harvard Business School. Αρχίζοντας ήδη από τη δεκαετία του 1980, με το άνοιγμα του κομμουνιστικού καθεστώτος της ΕΣΣΔ υπό τον Γκορμπατσώφ, υπήρξαν φωνές για την επιστροφή των καμπανών στη Μονή Ντανίλοφ. Μετά από πολυάριθμες συναντήσεις κατά τη διάρκεια αρκετών ετών, οι καμπάνες επιστράφηκαν στη Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία[5] το φθινόπωρο του 2008. Ο Ρώσος βιομήχανος Βίκτορ Βέκσελμπεργκ, διάσημος για την αγορά αρκετών αυγών Φαμπερζέ, συμφώνησε να πληρώσει για τον επαναπατρισμό των 18 καμπανών και το κόστος της χυτεύσεως αντιγράφων για να τις αντικαταστήσουν στο Χάρβαρντ.[6] Η πρώτη καμπάνα που επιστράφηκε στη Μονή Ντανίλοφ, γνωστή ως «Καμπάνα των Καθημερινών», με βάρος 2,2 τόνους, έφθασε στη Μονή στις 12 Σεπτεμβρίου 2007, ενώ οι υπόλοιπες 17 έφθασαν στις 12 Σεπτεμβρίου 2008.[7]