Το πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής ποδοσφαίρου ανδρών της περιόδου 1998-99 διεξήχθη σε δύο ομίλους με τη συμμετοχή 24 ομάδων. Με την ολοκλήρωση του πρωταθλήματος την άνοδο στην Β΄ Εθνική εξασφάλισαν το Αιγάλεω, ο Παναιγιάλειος, ο Ολυμπιακός Βόλου και η Νάουσα . Υποβιβάστηκαν στη Δ΄ Εθνική ο Αιολικός, η Αχαϊκή, ο Παναργειακός, ο Ρεθυμνιακός, ο Λεβαδειακός , η Δόξα Δράμας, η Καστοριά, οι Αμπελόκηποι, η Πρέβεζα και ο Αετός Σκύδρας.[1]
Ο αγώνας μπαράζ πραγματοποιήθηκε μεταξύ του Ατρομήτου και του Λεβαδειακού που ισοβάθμησαν στη ζώνη του υποβιβασμού του Νοτίου ομίλου. Ο αγώνας έγινε στην Πάτρα και νικητής αναδείχθηκε ο Ατρόμητος στην παράταση, με σκορ 1-0.[2]