Ο Κρασούνας αναφέρεται τουλάχιστον από το 1333, οπότε και το χωριό προϋπήρχε. Το 1333 αναφέρεται ότι αποτελούσε έδρα επανάστασης, μαζί με το κοντινό χωριό Μαργαρίτες εναντίον των Βενετών, με αποτέλεσμα ο Δούκας της Κρήτης Λαυρέντιος Μοροζίνι να εκστρατεύσει εναντίον των δύο χωριών. Στο χωριό τότε κρύβονταν οι επαναστάτες αδελφοί Σηφόπουλοι ή Ξιφόπουλοι. Αν και οι επαναστάτες διέφυγαν, οι Βενετοί έκαψαν το χωριό.[1]
Έλαβε το καθεστώς παραδοσιακού οικισμού το 1978 και έχει χαρακτηριστεί οικισμός υψηλής πολιτιστικής αξίας[2] και από τότε οι ενετικές κατασκευές που σώζονται στο χωριό είναι προστατευόμενες. Χαρακτηριστική κατασκευή είναι ο πύργος Γερωνυμάκη, ο οποίος έχει χαρακτηριστεί ιστορικό διατηρητέο μνημείο. Πρόκειται για τετράεδρη κατασκευή με πυραμιδωτή απόληξη. Αποτελούσε μέρος ενός ευρύτερου κτιριακού συνόλου, του οποίου τμήματα μόνον σώζονται στον χώρο. Σύμφωνα με τα μορφολογικά της χαρακτηριστικά μπορεί να χρονολογηθεί στην περίοδο της Ενετοκρατίας και αποτελεί αξιόλογο δείγμα ενετικής αρχιτεκτονικής.[3]
