Το πρωτάθλημα της Ένωσης Πειραιώς της περιόδου 1989-90 διοργανώθηκε σε τρεις κατηγορίες. Συνολικά, στα πειραϊκά πρωταθλήματα πήραν μέρος 97 σύλλογοι. Τους τίτλους των δυο ομίλων της Α΄ Κατηγορίας κατέκτησαν το Α.Π.Ο. Κερατσίνι και η Δόξα Πειραιά. Υπερπρωταθλήτρια Πειραιώς ανακηρύχθηκε η ομάδα του Κερατσινίου, επικρατώντας της αντιπάλου της με σκορ 3-1. Και οι δυο πρωταθλήτριες ανέβηκαν στη Δ΄Εθνική της περιόδου 1990-91, καθώς και οι δευτεραθλήτριες και τριταθλήτριες κάθε ομίλου, μετά την αναδιάρθρωση της Δ΄ Εθνικής που αποφασίστηκε το καλοκαίρι του 1990. Η ομάδα του Κερατσινίου τη χρονιά αυτή κέρδισε το νταμπλ τίτλων, καθώς κατέκτησε και το Κύπελλο.