Am 1. März 1995 wurde er Landesamtsdirektor-Stellvertreter und seit 1. März 2000 bekleidet Werner Seif das Amt des Landesamtsdirektors beim Amt der NÖ Landesregierung. Er folgte damit Karl Kern, der in den Ruhestand ging.
Er trägt aufgrund Funktion und Dienstalter den AmtstitelHofrat.
Am 1. Mai 2017 ging er in den Ruhestand und wurde durch Werner Trock ersetzt.