Körner trat 2009 in die Piratenpartei ein. Am 6. August 2009 wurde er für ein Jahr zum stellvertretenden Vorsitzenden des neu gegründeten Bezirksverbands Oberpfalz gewählt.
Am 5. September 2010 wurde er auf dem Landesparteitag in Regensburg zum Vorsitzenden des bayerischen Landesverbands gewählt und auf den Landesparteitagen in den Jahren 2011 und 2012 in diesem Amt bestätigt. Auf dem Landesparteitag am 26. Oktober 2013 kandidierte er nicht erneut für dieses Amt im Landesverband.[1]
Als bayerischer Parteivorsitzender war er 2011 Hauptinitiator des von der Piratenpartei Bayern beabsichtigten Volksbegehrens gegen Studiengebühren.[2] Bei der Sammlung der erforderlichen 25.000 Unterschriften überholten die bayerischen Freien Wähler den Landesverband Bayern mit einem eigens initiierten Volksbegehren, sodass deren Volksbegehren „Nein zu Studiengebühren in Bayern“ in Folge von den PIRATEN mitunterstützt wurde.[3]
In seinem Amt nahm er 2012 auf Horst SeehofersPR-Facebookparty im Münchener Nobel-Club „P1“ teil. Nachdem der Bayerische Ministerpräsident Körner das Du angeboten hatte, überreichte ihm dieser einen Mitgliedsausweis der Piratenpartei mit der Mitgliedsnummer „1337“ für „leet“ (=Elite in der Leetspeak) an.[4] Seehofer nahm den Ausweis mit den Worten „Aber ich bleib trotzdem bei der CSU.“ dankend an, was anschließend in den Tagesthemen der ARD erwähnt wurde.[5]
Vom außerordentlichen Bundesparteitag im Juni 2014 wurde er mit 62,05 Prozent der Stimmen zum Bundesvorsitzenden der Partei gewählt und löste damit Thorsten Wirth ab.[1] Körner hatte bereits 2013 für dieses Amt kandidiert.[7] Er wird dem liberalen Parteiflügel zugerechnet und gilt als Vertreter derjenigen, die vor allem die Kompetenz der Piratenpartei im Bereich Netzpolitik betonen wollen.[8] Weitere politische Schwerpunkte sind Datenschutz, Bürgerrechte und politische Partizipation.