Am 27. April 2013 wurde er auf dem Landesparteitag in Bottrop zum Landesvorsitzenden der Piratenpartei Nordrhein-Westfalen gewählt.[3] Schiffer setzte sich hierbei gegen vier Mitbewerber, unter anderem Michele Marsching, der nur zwei Stimmen weniger als Schiffer erhielt, durch.[4] Für die Bundestagswahl 2013 kandidierte er außerdem im Wahlkreis 107 – Düsseldorf II als Direktkandidat[5] sowie als Listenkandidat auf Platz 13 der Landesliste.[6] Auf dem Landesparteitag in Kleve wurde er am 30. August 2014 als Vorsitzender wiedergewählt[7] und war damit der erste Vorsitzende im Landesverband Nordrhein-Westfalen der Piratenpartei, der länger als eine Amtszeit im Amt blieb.
Am 27. August 2016 wurde Schiffer beim Bundesparteitag in Wolfenbüttel zum Bundesvorsitzenden der Piratenpartei Deutschland gewählt.[9] Von seinem Amt als nordrhein-westfälischer Landesvorsitzender trat er gleichzeitig zurück.[10]
Am 16. Juni 2018 gab der Landesparteitag der NRW Grünen Schiffer ein Votum für die Listenplätze ab 20 bei Europawahllistenaufstellung auf dem kommenden Bundesparteitag der Grünen. Er bekam 52,74 % der Stimmen.[14] Auf der Liste der Grünen zur Europawahl in Deutschland 2019 hat Schiffer aber schlussendlich nicht kandidiert.[15][16]
Am 19. November 2019 wurde Schiffer einstimmig zum Sprecher der Stadtteilgruppe Flingern/Düsseltal von Bündnis 90/Die Grünen Düsseldorf gewählt.[17] Ab 2020 war er Bezirksbürgermeister im Düsseldorfer Stadtbezirk 2.[18] Am 21. Dezember 2021 trat er aus privaten Gründen von diesem Amt sowie seiner Rolle als Wahlkampfmanager beim Kreisverband seiner Partei zurück.[19] Zugleich legte Schiffer den Vorsitz im Verein „Flüchtlinge Willkommen in Düsseldorf“ nieder.[20]
↑Patrick Schiffer: Krasser Tag. Heute Mittag die Abschlussprüfung für den Ausbilderschein bestanden. Und soeben einstimmig (!) zum Sprecher der grünen Stadtteilgruppe #Flingern-#Düsseltal gewählt worden. Auf geht's in den Kommunalwahlkampf! #Düsseldorf #b90diegrünen #Gruene @grueneddorf. In: @pschiffer. Twitter, 19. November 2019, abgerufen am 20. November 2019.