Ballén wurde in Boston geboren, da seine Eltern beruflich dort weilten. Seine Jugend verbrachte er in den Vereinigten Staaten, wo er Architektur an der Columbia University in New York City studierte. Daraufhin bekam er vom damaligen ecuadorianischen Präsidenten Galo Plaza Lasso den Auftrag, die Stadt Ambato wiederaufzubauen, da diese durch ein Erdbeben im Jahr 1949 zerstört wurde. In Ecuador gründete er nun gemeinsam mit Camilo Ponce Enríquez die Partido Social Cristiano.
Von 1970 bis 1978 war er Bürgermeister von Quito.
Im Februar 1995, während seiner Amtszeit als Präsident, verschärfte sich ein Grenzkonflikt mit Peru (Conflicto limítrofe entre el Perú y el Ecuador) zum Cenepa-Krieg bis hin zur Mobilmachung von Reservisten. Peru wurde zu dieser Zeit von Alberto Fujimori regiert.[2]
↑Alegría Donoso: Museo Presidente Sixto Duran Ballen. Biblioteca UDLA (Universidad de Las Américas del Ecuador), archiviert vom Original am 23. Juni 2012; abgerufen am 16. November 2016 (spanisch).