Santa Cruz de Boedo liegt in der altkastilischen Meseta in einer Höhe von ca. 850 m. Die Provinzhauptstadt Palencia befindet sich gut 55 km (Fahrtstrecke) südlich. Durch die Gemeinde führt die Autovía A-67. Das Klima im Winter ist kühl, im Sommer dagegen trotz der Höhenlage gemäßigt bis warm; Niederschläge (ca. 590 mm/Jahr) fallen überwiegend im Winterhalbjahr.[2]
