SC Sagamihara wurde 2008 gegründet und begann mit dem Spielbetrieb in der dritten Liga der Präfektur Kanagawa. Seit seinem Bestehen wurde der Verein bis zum Ende der Saison 2012 in jedem Jahr Meister und stieg somit jeweils in die nächsthöhere Liga auf. Im Jahr 2011 erreichte man das Unterhaus der Kantō-Regionalliga, am Ende der Saison 2012 folgte schließlich nach dem Gewinn der nationalen Regionalligen-Finalrunde der Aufstieg in die Japan Football League. Nach dem Erreichen des dritten Platzes in der JFL wurde Sagamihara zur Saison 2014 als eines der Gründungsmitglieder in die neuformierte J3 League aufgenommen. Als Zweitplatzierter der J3 League 2020 gelang dem Verein der Aufstieg in die J2 League. Nach einem Jahr musste man wieder den Weg in die Drittklassigkeit antreten.
Vereinsname
SC Sagamihara ist einer der wenigen Profivereine, deren Name lediglich aus der Kombination von Ortsnamen und dem Kürzel FC oder SC besteht. Das verwendete SC steht hierbei für „Sports Club“.