Der Name Ardija ist ein dem Spanischen entlehntes Kunstwort, dort heißt ardilla so viel wie Eichhörnchen. Entsprechend ist das Nagetier auch Vereinsmaskottchen, ziert das Vereinswappen und gab der Mannschaft den (wenig furchteinflößenden) Spitznamen „die mächtigen Eichhörnchen von Saitama“. Dieser Kleinmut hängt mit der 2001 erfolgten Fusion der Städte Ōmiya und Urawa zu Saitama zusammen, die Ardija zum Stadtrivalen der übermächtigen Urawa Red Diamonds machte. Obwohl die Eichhörnchen das erste Derby am 9. Juli 2005 überraschend mit 2:1 gewannen, werden sie bis auf Weiteres mit der Rolle der kleinen vorliebnehmen müssen.
Der Verein wurde 1969 als Werksmannschaft des Telekommunikations-StaatsbetriebesNTT unter dem Namen NTT Kantō Soccer-bu (NTT関東サッカー部), englisch NTT Kantō Football Club, gegründet und war beinahe zwanzig Jahre lang nur in verschiedenen Regionalligen der Region Kantō aktiv. Mit dem Gewinn der Meisterschaft aller Regionalligen 1986 gelang NTT der Gewinn des bisher einzigen nationalen Titels, im darauf folgenden Jahr stieg der Verein in die zweite Division der landesweiten Japan Soccer League auf. Doch dann stagnierte die Entwicklung des Vereins, was sich auch nicht änderte, als NTT bei der Gründung der J. League in die neu geschaffene Japan Football League nachrückte. In heutiger Form wurde die Mannschaft 1998 als Aktiengesellschaft gegründet: An der NTT Sports Community K.K. (NTTスポーツコミュニティ株式会社, enu ti ti supōtsu komyuniti kabushiki-gaisha) sind die NTT Higashi-Nihon und weitere Unternehmen der NTT-Gruppe beteiligt.[1]
Erst als 1999 die zweite Division der J. League gegründet wurde, verstärkte der Konzern sein Engagement beim neuen Zweitligisten, der sich fortan Ōmiya Ardija nannte. Das Eichhörnchen sollte der Mannschaft das Image des sympathischen Außenseiters geben: flink, geschickt und fleißig – so, wie NTT seine Angestellten präsentieren wollte. Das Engagement zeigte Erfolg, und nach fünf Jahren auf den Plätzen vier bis sechs gelang Ardija 2004 der ersehnte Aufstieg ins Oberhaus. 2007 entging man nur knapp der Relegation, als man auf dem 15. Platz landete mit drei Punkten Vorsprung auf Sanfrecce Hiroshima, und dem 16. Platz, welcher die Relegation bedeutet hätte. Zur Saison 2015 stieg der Verein in die zweite Liga ab, schaffte jedoch die direkte Rückkehr ins Oberhaus.
Der Verein gab im August 2024 bekannt, dass die Red Bull GmbH 100 % der Anteile am Verein übernehmen wird.[2]
Der Verein trägt seine Heimspiele im NACK5 Stadium Ōmiya (jap.NACK5スタジアム大宮, nakku faibu sutajiamu Ōmiya) in Saitama in der Präfektur Saitama aus. Das Stadion, dessen Eigentümer die Stadt Saitama ist, hat ein Fassungsvermögen von 15.500 Zuschauern.