Das Logo des Clubs soll die Präfektur Gifu repräsentieren. Die Zacken auf dem Wappen sollen die Berge im Norden der Präfektur darstellen. Die Blumen sind typisch für die Region. Jede der drei Linien stellt einen der drei Kiso-Flüsse (Kiso, Ibi und Nagara) dar. Der Boden des Wappens hat die gleiche Form wie ein Helm des Tokugawa-Klans aus dem 17. Jahrhundert.
Seit Gründung der ersten Fußballliga in Japan wurde die Präfektur Gifu von der Werksmannschaft der in der Präfektur ansässigen Firma Seinō Transportation (jap. 西濃運輸, Seinō Un'yu) repräsentiert, welche am Ende der Saison 1997 aus der Japan Football League abstieg und kurz darauf aufgelöst wurde.
Erst 2001 wurde der FC Gifu als neue Mannschaft gegründet, unter anderem vom ehemaligen Manager der Seino Co. Masayuki Katsuno und dem früheren Spieler Takashi Umeda.
Der Verein schaffte es 2007 in die inzwischen drittklassige Japan Football League aufzusteigen und beendete seine erste Saison auf Platz 3, womit ein direkter Aufstieg in die J. League Division 2 ermöglicht wurde.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Nagaragawa-Stadion in Gifu in der Präfektur Gifu aus. Das Stadion, dessen Eigentümer die Präfektur Gifu ist, hat ein Fassungsvermögen von 26.109 Zuschauern.
