Ab diesem Zeitpunkt widmete sich Pedro de Ribadeneira der Konsolidierung und Ausbreitung der Gesellschaft Jesu. So war er Provinzial in der Toskana, Kommissar in Sizilien und Assistent der Ordensgenerale für spanische und portugiesische Angelegenheiten. 1560 gründete er das Colegio in Madrid.
1574 kehrte Ribadeneira in seine Heimat zurück und widmete sich der schriftlichen Traditionssicherung der Jesuiten. So schrieb er Biografien zu Ignatius von Loyola, Diego Laínez und Franz von Borgia. Er übersetzte die Werke von Augustinus und Albertus Magnus ins Spanische und schrieb ein Schisma zur englischen Geschichte des 16. Jahrhunderts. Die Schriftsteller und Schriften des Ordens hielt Ribadeneira im Catalogus Scriptorum religionis Societatis Jesu, welches nach seinem Tod von Philipp Alegambe ergänzt wurde, fest.