Im Jahr 1939 gehörte Chapman zu den frühen Opfern des Kongresskomitees für unamerikanische Umtriebe, als der damalige Vorsitzende Martin Dies Jr. eine Liste von Regierungsangestellten veröffentlichte, die einer kommunistisch kontrollierten Organisation angehörten. Im Fall von Chapman verhielt es sich so, dass für ihn eine Zahlung von zwei Dollar an die American League for Peace and Democracy in den Akten vermerkt war, die als Mitgliedsbeitrag ausgelegt wurde. Es handelte sich jedoch um eine Spende für die republikanischen Kämpfer im spanischen Bürgerkrieg.
Bei der Democratic National Convention des Jahres 1944 in Chicago setzte sich Chapman für den amtierenden VizepräsidentenHenry A. Wallace ein, dessen erneute Nominierung der konservative Parteiflügel verhindern wollte. Dessen Kandidat für das Amt, Senator Harry S. Truman, war von Chapmans Engagement beeindruckt. Als Truman nach Roosevelts Tod das Präsidentenamt übernommen hatte, beförderte er ihn zum Under secretary des Innenministeriums; Chapman gehörte zudem im Mai 1948 zum Beraterstab des Präsidenten bei dessen Entscheidung, den neuen Staat Israel anzuerkennen.
Nachdem Oscar Chapman den Präsidenten bei dessen Wiederwahl im Jahr 1948 unterstützt hatte, berief dieser ihn im Jahr darauf als Nachfolger von Innenminister Julius Albert Krug in sein Kabinett. Dort verblieb er bis zum Ende von Trumans Präsidentschaft im Januar 1953. Danach arbeitete er als Rechtsanwalt für eine Kanzlei in Washington.
