Mesquita hat eine Fläche von 41,471 km² (2016) und gehört zu Metropolregion Rio de Janeiro. Auf dem Gebiet des Munizips liegt ein Vulkankrater sowie ein Rest der Mata Atlântica.
Mesquita wurde erst nach langem Rechtsstreit am 25. September 1999 selbständig. Davor bildete der heutige município einen Bezirk von Nova Iguaçu. Sie ist die jüngste Stadt in der als Baixada Fluminense bekannten Region. Benannt wurde der Ort nach Jerônimo Roberto de Mesquita, dem zweiten Baron Mesquita.