Merry-Sec liegt im Süden der Landschaft Puisaye, etwa 16 Kilometer südsüdwestlich von Auxerre. Umgeben wird Merry-Sec von den Nachbargemeinden Coulangeron im Norden und Nordwesten, Escamps im Norden und Nordosten, Migé im Osten und Nordosten, Mouffy im Osten und Südosten, Courson-les-Carrières im Südosten, Les Hauts de Forterre im Süden sowie Ouanne im Westen.