Diges liegt am Rand der Landschaft Puisaye, etwa 14 Kilometer südwestlich von Auxerre. Umgeben wird Diges von den Nachbargemeinden Parly im Norden und Nordwesten, Pourrain im Norden, Escamps im Osten, Ouanne im Süden und Südosten, Leugny im Süden, Moulins-sur-Ouanne im Südwesten sowie Toucy im Westen.