Von Juli 1969 bis März 1972 leitete Rehlinger als erster Präsident das Gesamtdeutsche Institut. Er war ein Gegner des nach der Bundestagswahl 1969 von der der SPD/FDP-Koalition eingeleiteten neuen Kurses in der Ostpolitik. Ende 1971, als sich die Union aufgrund einiger Übertritte aus den Fraktionen der FDP und SPD Chancen ausrechnete, über ein konstruktives Misstrauensvotum den Bundeskanzler stellen zu können, ließ sich Rehlinger als Präsident des Gesamtdeutschen Instituts beurlauben und trat als Barzels Wahlkampfmanager in die Dienste der CDU/CSU-Bundestagsfraktion. Sein Nachfolger im Gesamtdeutschen Institut war Detlef Kühn. Nach der Wahlniederlage der Union wechselte Rehlinger 1973 in die Wirtschaft.
Rehlinger war ab 1963 Mitglied der CDU. Von 2005 bis 2007 war er Vorstandsvorsitzender der Deutschen Gesellschaft, einem Verein „zur Förderung politischer, kultureller und sozialer Beziehungen in Europa“. Zwischen 2007 und 2023 war er Ehrenvorsitzender des Vereins.
Sein Grab befindet sich auf dem Friedhof in Eichwalde.[3]
Ludwig A. Rehlinger: Freikauf. Die Geschäfte der DDR mit politisch Verfolgten (Neuauflage); Mitteldeutscher Verlag, Halle (Saale) 2011, ISBN 978-3-89812-829-2.
Ludwig A. Rehlinger: Freikauf. Die Geschäfte der DDR mit politisch Verfolgten. Ullstein Verlag, Frankfurt/Main, Berlin, 1991, ISBN 3-550-07503-0.
Film
Wir sind doch kein Hotel – Fluchtort Botschaft. Regie: Inge Albrecht, Länge 60 min, Deutsche Film- und Fernsehakademie / WDR, Erstausstrahlung 1997 – unter anderem Gespräch mit beteiligten Flüchtlingen und Politikern Hans Otto Bräutigam / Ludwig A. Rehlinger und dem Unterhändler der DDR Wolfgang Vogel
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