1852 zog er nach Raleigh, North Carolina, eröffnete wieder eine Anwaltspraxis, ging als Mitglied der Demokratischen Partei in die Politik und wurde Präsident der Raleigh & Gaston Railroad Co. Als Demokrat wurde er dreimal in Folge, von 1855 bis 1861, ins Repräsentantenhaus der Vereinigten Staaten gewählt sowie vom damaligen US-PräsidentenJames Buchanan am 2. Dezember 1860 zum Finanzminister ernannt. Branch lehnte jedoch ab und ging stattdessen im Mai 1861 zur Armee der Konföderierten. Auch hier machte er schnell Karriere, wurde noch im selben Jahr zum Brigadegeneral ernannt und bekam eine eigene Brigade in der Division von General Hill im Corps von General „Stonewall“ Jackson.
Am 17. September 1862 wurde Branch als Kommandierender der 4. Brigade bei der Schlacht von Antietam getötet.