Am 30. November 1911 berief man Josef Pfluger zum Titularbischof von Arpasa und Weihbischof in der Erzdiözese Wien, am 17. Dezember 1911 erfolgte die Bischofsweihe durch Kardinal-Erzbischof Nagl.
1913, nach Kardinal Nagls Tod, leitete Pfluger die Erzdiözese Wien als Kapitularvikar. Der neue Erzbischof Friedrich Gustav Piffl bestätigte ihn in seinen bisherigen Ämtern.
Mit Datum vom 29. Januar 1927 erhielt Josef Pfluger als persönliche Auszeichnung die Ernennung zum Titularerzbischof von Macra. Am 26. Mai 1927 fungierte Pfluger als Mitkonsekrator von Diözesanbischof Michael Memelauer in St. Pölten.[2] Von 1921 bis 1929 amtierte der Prälat auch als Kanzler der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Wien.[3]
Weihbischof Pfluger starb am 10. Januar 1929 und wurde im Kapitelsgrab auf dem Wiener Zentralfriedhof beigesetzt.
In der „Geschichte des Erzbistums Wien“ charakterisiert ihn der Kirchenhistoriker Franz Loidl mit den Worten:
„Er galt durch Jahre als verläßlicher Ratgeber für Bischof wie Priester in allen schwierigen juristischen Fragen. Pfluger hat nie direkt in der Seelsorge gearbeitet, er war kein großer Redner und trat nur wenig in der Öffentlichkeit auf. Aber er erfüllte als sachkundiger und korrekter Beamter vorbildlich seine Pflicht und widmete seine Kräfte ganz den vielen Belangen der Diözesanverwaltung“
– Franz Loidl: Geschichte des Erzbistums Wien. 1983, Seiten 297-298
Karl Lorenz: DDr. Josef Pfluger – Einer der bedeutendsten kirchlichen Würdenträger Österreichs. In: Die Heimat. 1967.
Franz Loidl: Generalvikar Titular-Erzbischof DDr.Josef Pfluge. In: Beiträge zur Wiener Diözesangeschichte. Band 4, 1963, S. 17–22.
Erwin Gatz (Hrsg.): Die Bischöfe der deutschsprachigen Länder 1785/1803 bis 1945. Ein biographisches Lexikon. Duncker & Humblot, Berlin 1983, ISBN 3-428-05447-4, S. 561 (G. Hartmann).
↑Josef Lenzenweger: Sancta Maria de Anima. Herder, Wien/Rom 1959, S.170.
↑Friedrich Schragl: Geschichte der Diözese St. Pölten. Verlag Niederösterreichisches Pressehaus, 1985, S. 168 (eingeschränkte Vorschau in der Google-Buchsuche; Josef Pfluger als Bischofskonsekrator in St. Pölten).
