1887 war er Kandidat für den Bischofssitz von Gurk, der Kaiser ernannte jedoch Josef Kahn.
Auf Wunsch von Kaiser Franz Joseph versuchte er, die Ehe des Thronfolgers mit Sophie Gräfin Chotek zu vereiteln. Obwohl er zwischen seiner Loyalität gegenüber dem Kaiser und Franz Ferdinand schwankte, entschied er sich für Ersteren, da er den Wunsch hatte, Weihbischof in Wien zu werden. Er war Franz Ferdinand immer sehr nahegestanden, verscherzte sich aber dessen Sympathie durch diese Einmischung. Auch bei Sophie, an deren religiöse Gefühle und tiefe Gläubigkeit Marschall appelliert hatte, scheiterte er mit seinem Unterfangen. Dass nicht er, sondern Lanyi, ein ungarischer Geistlicher, die Taufe von Sophie, Fürstin von Hohenberg, des am 24. Juli 1901 in Konopischt zur Welt gekommenen Kindes des Paares, spendete und er nicht einmal zur Taufe des Kindes eingeladen wurde, gab zu vielen Spekulationen Anlass.[2]
Nach dem Tod Schneiders wurde er 1905 Generalvikar von Kardinal Gruscha und Dompropst von St. Stephan. Da Gruscha in den letzten Lebensjahren taub und blind war, übernahm Marschall viele Aufgaben des Kardinals. Dies machte ihn beim Volk sehr beliebt. Man hielt ihn für den logischen Nachfolger, am 1. Jänner 1910 wurde jedoch Franz Xaver Nagl, der Bischof von Triest und Capo d’Istria, zum Koadjutor mit dem Recht der Nachfolge ernannt. Marschall legte das Amt des Generalvikars nieder und unternahm von März bis April 1910 eine Pilgerreise in das Hl. Land, von der er todkrank zurückkehrte. Marschall soll davon überzeugt gewesen sein, dass der Thronfolger und dessen Gattin seine Ernennung zum Kardinal-Erzbischof hintertrieben und beim Papst interveniert hätten. Allerdings gibt es keinerlei schriftliche Beweise für diese Vermutungen.[3]