1946 wurde John Harding als Lieutenant-Generalder Nachfolger von Harold Alexander, als Befehlshaber der britischen Truppen im Mittelmeerraum. Ab 1948 war er Oberbefehlshaber der britischen Landstreitkräfte im Fernen Osten, wurde 1959 zum General befördert und wurde 1951 Oberbefehlshaber der Britischen Rheinarmee. 1951 wurde er auch zum Knight Grand Cross des Order of the Bath erhoben. 1952 bis 1955 war er Chef des Imperialen Generalstabes. In dieser Funktion wurde er 1953 zum Field Marshal befördert.
Am 3. Oktober 1955 wurde John Harding Gouverneur von Zypern und zugleich Oberkommandierender der britischen Truppen auf Zypern. Dieses Amt hielt er bis zum 22. Oktober 1957. In dieser Zeit entlud sich der Widerstand gegen die Kolonialmacht gewaltsam in einem von der EOKA (Ethniki Organosis Kyprion Agoniston) organisierten terroristischen Aufstand. Seine Versuche, mit Griechen und Türken auf der Insel zu verhandeln, schlugen fehl. Harding musste erhebliche Anstrengungen aufbringen, um den Terrorismus einzudämmen. So veranlasste er, dass das Oberhaupt der Griechen auf der Insel, Erzbischof Makarios III., für ein Jahr auf die Seychellen ins Exil musste. Obwohl seine Truppen teilweise mit hoher Brutalität vorgingen, vermochten sie den Terrorismus nicht vollständig zu bezwingen.
Nach seiner Rückkehr nach England wurde ihm am 17. Februar 1958 die erbliche Peerwürde eines Baron Harding of Petherton, of Nether Compton in the County of Dorset, verliehen. Er wurde dadurch Mitglied des House of Lords. Diesen Titel erbte nach seinem Tod sein Sohn John Charles Harding.
