James Johnston besuchte die öffentlichen Schulen seiner Heimat. Während des Bürgerkrieges diente er zwischen 1862 und 1865 in verschiedenen Einheiten im Heer der Union, in dem er es bis zum Leutnant brachte. Nach einem Jurastudium und seiner im Jahr 1866 erfolgten Zulassung als Rechtsanwalt begann er in Rockville in diesem Beruf zu arbeiten. Zwischen 1866 und 1868 war er auch als Staatsanwalt tätig.
Nach seinem Ausscheiden aus dem US-Repräsentantenhaus praktizierte James Johnston wieder als Anwalt. Im Jahr 1893 war er Leiter der Indiana-Sektion der Veteranenvereinigung Grand Army of the Republic. Er starb am 19. Juli 1904 in Rockville, wo er auch beigesetzt wurde.