Jakobsdorf liegt etwa 16 Kilometer südwestlich der Stadt Stralsund. Nur drei Kilometer östlich verläuft die Bundesstraße 194. Die Gemeinde ist über den Anschluss Grimmen-Ost der Bundesautobahn 20 zu erreichen. Im Norden grenzt die Gemeinde an das Flüsschen Barthe. Die Gemeinde ist zweigeteilt in die Gemeindeteile um Nienhagen und Jakobsdorf. Sie werden durch die Gemeindegebiete Velgast und Steinhagen getrennt. Im Gemeindegebiet existieren keine größeren Seen oder Wälder. Es grenzt aber an große Waldgebiete, wie den Knirkhorst.
Nahe der Gutshausruine Endingen liegt der in das frühe Alleröd datierende Elchjägerplatz Endingen VI und repräsentiert damit den ältesten absolut datierten Nachweis einer menschlichen Besiedlung in Nordostdeutschland und wird auf circa 11.000 vor Christus vermutet.[2]
Endingen selbst, wird 1273 als das klösterliche Versorgungsgut des Klosters Neuenkamp erstmals urkundlich erwähnt. Bis 1534 befand sich das Gut im Besitz dieses Zisterzienserklosters.
Die Gemeinde verfügt über kein amtlich genehmigtes Hoheitszeichen, weder Wappen noch Flagge. Als Dienstsiegel wird das kleine Landessiegel mit dem Wappenbild des Landesteils Vorpommern geführt. Es zeigt einen aufgerichteten Greifen mit aufgeworfenem Schweif und der Umschrift „GEMEINDE JAKOBSDORF * LANDKREIS VORPOMMERN-RÜGEN“.[3]
