Der in Faido im Tessin geborene Pestoni wuchs unweit der Pista la Valascia, dem Eisstadion des HC Ambrì-Piotta, auf[1] und durchlief die Nachwuchsabteilung des Vereins. Er schaffte den Sprung in Ambrìs NLA-Kader und wurde im Anschluss an die Saison 2010/11 in der National League A (NLA) zum besten Jungspieler[2] gewählt. Er entwickelte sich in Ambrì zum Stützpfeiler der Mannschaft und zur Identifikationsfigur der Anhängerschaft,[3] zudem schaffte er den Sprung in die Herren-Nationalmannschaft. In den Jahren 2013 und 2014 gewann er als Gastspieler mit dem Genève-Servette HC den Spengler Cup, nachdem Pestoni jeweils eigens für die Dauer des Traditionsturniers verpflichtet worden war.[4]
Am 26. November 2015 gaben die ZSC Lions bekannt, mit Pestoni eine Einigung über einen Dreijahresvertrag erzielt zu haben, der mit Beginn der Saison 2016/17 in Kraft trat.[5] Seine erste Saison bei den Stadtzürchern verlief jedoch nicht nach Wunsch. Er wurde nach nur elf Spielen aus dem Team genommen und musste ein separates Aufbautraining absolvieren. Erst Anfang November durfte er wieder in der Meisterschaft auflaufen und kam bis Ende Saison auf nur zwölf Scorerpunkte.[6] Im Mai 2018 wurde Pestoni von den ZSC Lions erlaubt, einen neuen Arbeitgeber zu suchen.[7] Wenige Tage später erhielt er einen Einjahresvertrag beim HC Davos.[8]
Im Januar 2019 unterzeichnete Pestoni einen Zweijahresvertrag beim SC Bern mit Gültigkeit bis zum Saisonende 2020/21. In 90 Einsätzen für den SCB erzielte Pestone 22 Tore und 22 Assists und gewann im Februar 2021 mit dem Club aus der Bundesstadt den Schweizer Cupsieger. Nach der Saison 2020/21 wechselte er gemeinsam mit André Heim und Yanik Burren zum HC Ambrì-Piotta.[9] Mit der Mannschaft gewann er 2022 den Spengler Cup.[10]
(Legende zur Spielerstatistik: Sp oder GP = absolvierte Spiele; T oder G = erzielte Tore; V oder A = erzielte Assists; Pkt oder Pts = erzielte Scorerpunkte; SM oder PIM = erhaltene Strafminuten; +/− = Plus/Minus-Bilanz; PP = erzielte Überzahltore; SH = erzielte Unterzahltore; GW = erzielte Siegtore; 1Play-downs/Relegation; Kursiv: Statistik nicht vollständig)