Am 3. Oktober 1896 heiratete er auf Schloss Jagsthausen Sophie Freiin von Berlichingen (1872–1945), eine Nachfahrin des fränkischen Reichsritters Götz von Berlichingen. Aus der Ehe gingen zehn Kinder hervor, darunter gehörten der an der Vorbereitung des Attentats vom 20. Juli 1944 beteiligte und 1944 hingerichtete Peter, sowie Paul, Irene und Bertha (1899–1950), die Friedrich Carl Siemens heiratete.
Heinrich Yorck starb überraschend während eines Besuchs in Berlin im Hause seiner Tante Lulu von Katte an den Folgen eines Gehirnschlags. Er wurde am 3. März 1923 am Mausoleum der Grafen Yorck, im Schlosspark von Schloss Klein Öls beigesetzt.
Mausoleum der Grafen Yorck von Wartenburg im Schloßpark von Klein Oels
Grabplatte Graf Heinrich Yorck am Mausoleum
Ehrungen
1911 Ehrendoktor der Philosophischen Fakultät der Universität Breslau