Die Oberliga Nordost wird in zwei je 16 Mannschaften umfassenden Staffeln ausgespielt, wobei die Vereine nach regionalen Gesichtspunkten den Staffeln Nord und Süd zugeordnet werden. Bis auf wenige Ausnahmen besteht die Nord-Staffel aus Vereinen aus den Bundesländern Berlin, Brandenburg und Mecklenburg-Vorpommern, die Süd-Staffel aus Vereinen aus Sachsen, Sachsen-Anhalt und Thüringen.
In den Spielzeiten 1991/92 bis 1993/94 war die NOFV-Oberliga drittklassige Liga im deutschen Fußball und bestand aus den drei Staffeln Nord, Mitte und Süd. Am Ende jeder Saison spielten die Staffelsieger mit den Meistern der sieben weiteren Oberligen des DFB in Aufstiegsrunden um die Relegation in die 2. Bundesliga. Die beiden Letztplatzierten jeder Staffel stiegen in die jeweiligen Landesligen ab. Der 1. FC Union Berlin wurde dreifach Meister der Staffel Mitte, verfehlte den Aufstieg jedoch bei zwei Aufstiegsrundenteilnahmen, während dem Verein infolge der dritten Teilnahme die Lizenz verweigert wurde. Der FSV Zwickau wurde 1991/92 und 1993/94 Meister der Süd-Staffel, wobei erst nach der zweiten Meisterschaft auch der Aufstieg erreicht wurde, während selbiger in der Saison 1992/93Tennis Borussia Berlin als Meister der Nord-Staffel gelang. Die übrigen Staffelsieger verfehlten jeweils den möglichen Aufstieg oder durften aufgrund von Lizenzverweigerungen nicht an der Aufstiegsrunde teilnehmen.
* Sportlich aufgestiegen, erhielt jedoch keine Lizenz
** Erhielt keine Lizenz, so dass der Zweitplatzierte an der Aufstiegsrunde teilnahm
1994–2008: Vierthöchste Spielklasse
Mit Wiedereinführung der Regionalliga 1994 wurde die NOFV-Oberliga ab der Spielzeit 1994/95 viertklassig und damit neben den sieben weiteren Oberligen des DFB die zweithöchste Amateur-Spielklasse. Die Meister der Nord- und der Süd-Staffel stiegen während der ersten fünf Spielzeiten direkt in die viergleisige Regionalliga auf, die Staffel Mitte wurde aufgelöst. Durch die Reduzierung der Regionalliga von vier auf zwei Staffeln 1999 gab es 1998/99 keine Aufsteiger, ab der Saison 1999/2000 wurde der einzige Aufstiegsplatz in die Regionalliga in zwei Relegationsspielen zwischen den beiden Staffelsiegern entschieden. Ab 2005/06 waren wieder beide Staffelsieger aufstiegsberechtigt. Dabei nahmen während der 14 Spielzeiten als vierthöchste Spielklasse teils je 16, teils je 18 Mannschaften am Spielbetrieb der beiden Staffeln teil, übergangsweise aufgrund mehrerer Absteiger aus den Regionalligen auch 19 Mannschaften.
Infolge der Einführung der 3. Liga und einer Erweiterung der Regionalliga auf drei Staffeln seit der Saison 2008/09 ist die Oberliga Nordost nur noch fünftklassig. In der letzten viertklassigen Saison 2007/08 qualifizierten sich die drei bestplatzierten Mannschaften jeder Staffel direkt für die vergrößerte Regionalliga. Die Viertplatzierten der Staffeln Nord und Süd spielten in einer Relegation den siebten und letzten Aufstiegsplatz aus. Dabei steigen nur die jeweiligen Letztplatzierten in die Verbandsligen ab.
* Verzicht auf Relegationsspiele, die von nachrückenden Mannschaften bestritten wurden
Seit 2008: Fünfthöchste Spielklasse
Mit der Ligenreform seit der Saison 2008/09 ist die Oberliga Nordost nur noch fünftklassig. Für die sieben im Vorjahr in die Regionalliga aufgestiegenen und die beiden in die Verbands- und Landesligen abgestiegenen Mannschaften rückten die Vorjahres-Meister der sechs Verbands- und Landesligen im Bereich des NOFV als direkte Aufsteiger in die Oberliga Nordost auf, während die Vizemeister der sechs Ligen paarweise in je zwei Relegationsspielen drei weitere Aufsteiger ausspielten.
Seitdem steigen die beiden Staffelsieger in die Regionalliga auf. Die jeweils zwei letztplatzierten Mannschaften beider Staffeln steigen ab, die sechs somit freiwerdenden Plätze werden von den sechs Verbandsligameistern eingenommen. Sollte ein NOFV-Verein aus den Regionalligen absteigen, so spielen die Drittletzten der beiden Oberligastaffeln in zwei Relegationsspielen einen weiteren Absteiger aus. Bei zwei Absteigern aus den Regionalligen steigen beide Drittletzten ab, für weitere Regionalliga-Absteiger würde die Oberliga entsprechend aufgestockt.
Infolge der COVID-19-Pandemie wurden die Spielzeiten 2019/20, 2020/21 und 2021/22 abgebrochen und die Aufsteiger anhand einer Quotientenregel (Punkteschnitt pro absolviertem Spiel) ermittelt.
